De conformidad con el Art. 3.011 de la Ley Electoral del Estado Libre Asociado de Puerto Rico , según enmendado, la Secretaría realizará todas aquellas funciones que sean asignadas por la Comisión y delegadas en Ley.
Es responsabilidad de la Oficina del Secretario, la custodia de los documentos y aquellas tareas relacionadas con los registros electorales, la preparación de actas, certificaciones y notificaciones, las cuales son operacionales . Para fines de ejecución y logros de los objetivos institucionales cuenta con varias unidades electorales especializadas. Además, tiene funciones de carácter asesorativo, de planificación y de dirección y seguimiento a los procesos electorales.
Actualmente la Secretaría se compone por el Secretario, un Primer Subsecretario y un Segundo Subsecretario. Cuenta con una Junta Especial, una Unidad de Archivo General una Unidad de Exclusiones, una Unidad de Digitalización, una Unidad de Microfilmación, una Unidad de Archivo Histórico Electoral y una Unidad de Archivo Inactivo Administrativo
Además, cuenta con una Unidad de Validaciones de peticiones de endoso para los partidos por petición y una Unidad de Radicación de Candidaturas para los procesos de Primarias, Elecciones Generales y Elecciones Especiales.